花圃育种是提升花卉品质和获取稀有品种的核心玩法。玩家需对已收集的成花进行育种，每次消耗一根育种笔，但不会消耗成花本身。育种存在概率变异，可能获得新品种种子。花卉生长分为三个阶段：种子、花苗、成花。花苗阶段可通过浇水施肥缩短成熟时间，同时给好友花苗照料有概率获得对方种子。成花可用于家园装饰、制作香丸或赠送给村民提升好感度，其中紫色成花效果最佳。
育种的核心在于配方选择和操作顺序。不同花卉的配方组合会影响结果，即使相同配方，添加顺序不同也可能导致颜色差异。例如绣球花的紫色和绿色均由红白绣球培育，但先添加红色得紫色，先添加白色得绿色。稀有品种如蓝色绣球需白+白或紫+白组合，而粉色绣球需红+红或紫+红。百合、花菱草、鸢尾等花卉均有专属配方，但需注意结果存在随机性，需多次尝试。
取苗剪可在花苗阶段复制同品种种子，确保稀有品种留存；取粉笔用于育种尝试，需通过山遇商店或杂货铺获取。香丸制作需消耗成花与对应香料（宁神香、舒心香、活气香），不同品级香丸可提升萝卜人生产效率15至60分钟。建议优先培育紫色成花，既能解锁图鉴，又能用于高价值交互。
解锁花圃需角色达到26级，并满足3780舒适度及10000铜钱条件。种子可通过杂货铺购买、桃花潭奖励或好友互助获取。花艺等级提升后，可解锁更多花卉种类及香丸配方。育种过程中，建议保留稀有花种作为备用，避免重复合成消耗资源。系统每日限制获取种子数量，需合理规划培育优先级。
